Setelah bertahun-tahun terlindung dari dunia manusia, Turtle bersaudara bertekad untuk memenangkan hati warga New York dan di terima sebagai remaja normal melalui aksi-aksi heroik. Teman baru mereka, April O’Neil, membantu mereka menghadapi sindikat kriminal misterius, tetapi mereka segera berada di luar kendali ketika pasukan mutan menyerang mereka.